1946’da İstanbul’da doğdu. Orta öğrenimini Galatasaray Lisesi’nde (1956 – 64); yüksek öğrenimini Robert College Mühendislik Okulu İnşaat Mühendisliği bölümünde (1965 – 71); yüksek lisans eğitimini Boğaziçi Üniversitesi’nde (1972– 75) tamamladı.
Çalışma hayatına 1971 yılında araştırma mühendisi olarak Yapı Merkezi’nde başladı.1985 yılında Yapı Merkezi’ne ortak olan Aykar 2002 yılına kadar Proje Müdürü, Genel Müdür, Murahhas Üye ve 2002-2014 yılları arasında Yönetim Kurulu Başkanı olarak görev yaptı. 2014 yılından beri Yapı Merkezi İnşaat ve Sanayi’nin Ortağı ve Yönetim Kurulu Üyesi görevini yürütmektedir. Aykar, aynı zamanda Yapı Merkezi grup şirketlerinden Subor’un ve Freysaş’ın Yönetim Kurulu Üyesidir.
Halen İNTES Yüksek Danışma Kurulu Başkanı, Türkiye Müteahhitler Birliği Yüksek Danışma Kurulu Üyesi, Boğaziçi Üniversitesi Mütevelli Heyeti Üyeliği gibi sivil toplum örgütü görevlerini sürdürmektedir. Emre Aykar 2012-2020 yılları arasında Avrupa Müteahhitler Birliği’nde (FIEC- European Construction Industry Federation) Türkiye’yi temsilen Başkan Yardımcılığı ve 2015-2016 ile 2019-2020 yıllarında da Uluslararası Müteahhitler Birlikleri Konfederasyonu (CICA- Confederation of International Contractors’ Associations) Başkanlığı görevlerinde bulundu. 2021 yılından beri CICA’nın Onursal Başkanıdır.
Aykar, ayrıca, DEİK bünyesinde 1997’den 2021 yılına kadar, 24 yıl boyunca Slovenya, Cezayir ve Etiyopya İş Konseyleri başkanlığını da yapmıştır.
Aykar, Galatasaray Spor Kulübü Divan Kurulu üyesidir.
Evli ve bir kız çocuğu babasıdır.